《解释》还对刑罚的适用作出了规定，传染病防治失职罪情节严重的，可以判处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；情节特别严重的，判处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
《最高人民法院、最高人民检察院关于办理传染病防治失职罪案件适用法律若干问题的解释》（以下简称《解释》）对两高传染病防治失职罪的规定内容如下：
1. 对卫生监督管理人员、疾病预防控制机构人员、医疗机构管理人员和从业人员，因职务便利虚报、隐瞒报告上级或者上级直接负责的机关行为，或者违背疾病防治工作规则，致使传染病疫情发展扩散或者流行蔓延的，可以被追究传染病防治失职罪责任。
2. 对于卫生监督管理人员、疾病预防控制机构人员，违背国家或者地方规定，不正确、不及时指导和协调医疗机构等疾病防治工作，致使传染病疫情发展扩散或者流行蔓延的，可以被追究传染病防治失职罪责任。
3. 对于卫生监督管理人员、疾病预防控制机构人员和医疗机构管理人员，违背规定，不按照国家和地方规定对疑似或者确诊的传染病病例采取及时、有效的隔离、救治等措施，致使传染病疫情发展扩散或者流行蔓延的，可以被追究传染病防治失职罪责任。
4. 对于医疗机构管理人员和从业人员，违背规定，不对疑似或者确诊的传染病病例进行及时、有效的诊断、报告、救治和隔离等措施，致使传染病疫情发展扩散或者流行蔓延的，可以被追究传染病防治失职罪责任。
《解释》还对刑罚的适用作出了规定，传染病防治失职罪情节严重的，可以判处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；情节特别严重的，判处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。对于造成严重后果的，判处七年以上有期徒刑，并处罚金。